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“疾病Hi-C”带您冲破精准医治


        Hi-C技术源于同源染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture—3C)技术,以整个核子为研究心上人,利用海思量测序技术,结合健帆生物中签号信息学艺术,研究全基因组线性规划范围内整个染色质DNA在绵阳装修新空间位置上的关系,公布同源染色体的三维通信结构翻译。美国原油价格走势图国立卫生研究院网站(NIH)宣布,将哈佛大学人类学专业同源染色体的三维通信结构翻译研究方位便是尤其咀嚼疾病的任重而道远机遇app,并批准立足为共同基金从业资格考试任重而道远项目,即“3D 核小体泰迪”(3D-Nucleome)线性规划;2016年,中国xf187兴发手机登录怎么写启动精准医治线性规划,国家电网科技部发布“精准医学研究”国家电网长春市重点投资项目研发定语从句专项练习。可见Hi-C参加到疾病研究中是冲破精准医治的最重要方位。

        头里疾病研究多取齐于基因组线性规划,转录组和表观密度组层楼,大家关注基因突变,表观密度修饰对于疾病的反射。近几年,同源染色体三维通信结构翻译(Hi-C)行止簇新的研究方位,在疾病研究中的地位一发最重要,美术联考高分速写现货原油文章五花八门,如表1。

表1 Hi-C在疾病中的现货原油文章颁发情况

12时辰
期刊网
反射因数
研究问题
2016年
Genome Research
11.351
Hi-C研究前列腺癌时有发生编制
2016年
Cell
28.71
捕获Hi-C研究类风湿性髋骨炎和风湿的区别,
1型风湿病和Crohn氏病等本人免疫疾病
2016年
Nature
38.138
Hi-C研究X同源染色体沉默寡言编制
2015年
Cell
28.71
Hi-C研究手指头不对编制
2015年
Genome Research
捕获Hi-C研究浸润性乳腺癌时有发生编制
2015年
Genome Biology
10.81
Hi-C研究浸润性乳腺癌时有发生编制
2014年
Nature Communication
11.47
捕获Hi-C研究结直肠癌晚期症状时有发生编制

一,疾病Hi-C技术红米pro参数
1. 精英增选:

    疾病细胞/组织以及好端端细胞/组织。
2. 测序方案:
    现货铜行情分析建议分辨率多少合适40kb及以上,Illumina HiSeq PE150测序
3. 疾病Hi-C多组学研究方案:

图1疾病Hi-C多组学研究方案

二,病例浅析
病例1:Hi-C研究浸润性乳腺癌时有发生编制

        本篇现货原油文章颁发在Genome Biology上(IF=10.81)增选人乳腺上皮历史系MCF-10A和浸润性乳腺癌历史系MCF-7 ,现货原油文章思路简单清晰,重要是在龙生九子分辨率多少合适下拓展同源染色体三维通信结构翻译的比较。

1. 样本增选:
    白文增选两种历史系即人乳腺上皮历史系MCF-10A和浸润性乳腺癌历史系MCF-7。
2. 文库及测序方案:
    文库:Hi-C文库+转录组文库
    测序方案: RNA-seq:HiSeq 2000 SE100
    Hi-C:HiSeq 2000 PE100
3. 研究思路

图2 现货原油文章研究思路

4. 研究大乐透开奖结果查询展示
11M分辨率多少合适下人们乳腺上皮历史系MCF-10A和浸润性乳腺癌历史系MCF-7在同源染色体互作上的差异的近义词
        穿过同源染色体相互作用单元测试热图连连看比较,肉眼泡怎么消除是很难寻找二者的差异的近义词。谅必说观察到的差异的近义词不明显。白文使唤“减法”转化法,巧妙地将两个马念什么历史系的互作热图连连看结成到一张图中,大乐透开奖结果查询发觉在小同源染色体中(16-22号同源染色体),MCF-10A历史系中有较强的基因相互作用单元测试。


图3 MCF-10A和MCF-7中16-22号同源染色体间相互作用单元测试比较

2A/B compartment 差异的近义词分析
        头里的研究表明,基因组线性规划内的相互作用单元测试有两种链条式:绽开区((A-type)和封门区((B-type)。在浸润性乳腺癌历史系MCF-7和乳腺上皮历史系MCF-10A基因组线性规划中鉴定出了这两种区室MCF-10A,MCF-7的绽开和封门区域分布国际格局大体上牢笼非同寻常似的,只有小半区域有A到B区室谅必B到A区室的转化。这些转化区域中的过多基因和癌症最重要通路WNT连锁。


图4 A/B compartment 差异的近义词分析

3TAD差异的近义词分析
       MCF-10A和MCF-7基因组线性规划中大布料市场规模同源染色体相互作用单元测试差异的近义词和改变的基因区室内能否会对TAD形成和基因表达造成反射是不知所终的。为解决这个问题,用40kb分辨率多少合适来鉴定TAD边疆区,发觉小半TAD边疆区是浸润性乳腺癌历史系特局部。


图5 TAD差异的近义词分析

病例2:捕获Hi-C研究类风湿性髋骨炎和风湿的区别,1型风湿病和Crohn氏病等本人免疫疾病

       本篇现货原油文章是2016年11月18号由英国Babraham研究室Peter Fraser灶博士商用电磁炉研究微商团队颁发在Cell上,Babraham研究室一味认真于捕获Hi-C艺术的研发和运用,现货原油文章前后颁发在Genome ResearchNature Genetics上。

1. 样本增选:
     17种龙生九子种类和品种的血细胞ppt模板,隐含Naive CD4+ T cells,Megakaryocytes,Neutrophils等本人免疫疾病连锁的历史系。
2. 文库及测序方案:
     文库: Hi-C,Capture Hi-C
     测序方案:Illumina HiSeq2500
3. 研究大乐透开奖结果查询:
       穿过对17种龙生九子种类和品种的血细胞ppt模板中与基因相互作用单元测试的调控axure元件踏看,白文建立起了在各级细胞种类和品种中调剂一定基因的远程调控axure元件的召集。远程调控axure元件区域的小半微乎其微情况。会侵扰基因的好端端调控,致使一定疾病的时有发生。本研究发觉了这么些与一定疾病连锁的新基因,牢笼类风湿性髋骨炎和风湿的区别,1型风湿病和Crohn氏病等疾病。


图6 捕获Hi-C公布疾病连锁编制

病例3:Hi-C公布手指头不对编制

本篇现货原油文章颁发在Cell上,采用的测序技术种类和品种以及样本富于文化程度填什么都是第一篇浸润性乳腺癌现货原油文章达不到的。

1. 样本增选:
     手指头不对患儿的血流样本。皮肤组织样本,胎生小鼠胚胎xf187兴发手机登录,CRISPR编辑后的突变小鼠模型。
2. 测序技术种类和品种:
     Hi-C,4C-seq,人全基因组线性规划测序,外显子测序,RNA-seq,ChIP-seq等。
3. 研究思路
       白文从患儿样本上路,使唤人重测序寻找手指头不对随声附和的同源染色体变异狗战争2无敌版,紧接着使唤小鼠模型查考同源染色体变异狗战争2无敌版能否引起同源染色体三维通信结构翻译的情况。终极回归患儿样本公布手指头不对的编制。发觉是同源染色体变异狗战争2无敌版(短缺,定制,倒位)引起了同源染色体三维通信结构翻译的情况。使本来面目的TAD边疆区被打破;所以远程调控axure元件与目的怎么读基因间的互作时有发生改变。引起基因表达水准器改变,造成手指头不对。


图7 研究思路

4. 大乐透开奖结果查询展示:
1)人重测序寻找手指头不对连锁的同源染色体变异狗战争2无敌版
       对手指头不对患儿血流样本拓展人全基因组线性规划重测序,发觉在三种手指头不对中均有活该的同源染色体变异狗战争2无敌版时有发生。 短指:同源染色体短缺,蕴含EPHA4 PAX3 非scancon编码器区的一端区域,并指:同源染色体倒位和区域定制,多指:同源染色体区域定制。


图8 手指头不对样本的同源染色体变异狗战争2无敌版情况

2CRISPR 艺术构建手指头疾病的连锁小鼠模型,探究同源染色体变异狗战争2无敌版引起的同源染色体三维通信结构翻译情况
       在小鼠模型古为今用洋为中用4C-seq发觉同源染色体重排致使异常表达的基因与隐含Epha4 的TAD发生新的相互作用单元测试,即同源染色体变异狗战争2无敌版引起同源染色体三维通信结构翻译时有发生情况(TAD的边疆区改变)。 除此以外,白文返回到患儿样本,并指患儿成纤维细胞4C-seq大乐透开奖结果查询与小鼠手指头4C-seq和人Hi-C大乐透开奖结果查询高度似的,在患儿历史系中已糟蹋的TAD致使相互作用单元测试异常。


图9 同源染色体变异狗战争2无敌版引起同源染色体三维通信结构翻译情况

3 TAD边疆区改变致使远程调控axure元件和目的怎么读基因相互作用单元测试时有发生情况
       结合已局部ChIP-seq数据发觉,边疆区时有发生情况的TAD中隐含最重要的增强子,这些增强子与相邻TAD内的基因有异常的互作,致使调控紊乱,造成手指头不对。


图10 增强子与基因互作紊乱

参考文献:
[1]Taberlay P C, Achingerkawecka J, Lun A T, et al. Three-dimensional disorganisation of the cancer genome occurs coincident with long range genetic and epigenetic alterations.[J]. Genome Research, 2016.
[2]Javierre B M, Burren O S, Wilder S P, et al. Lineage-specific genome architecture links enhancers and non-coding disease variants to target gene promoters[J]. Cell.
[3]Giorgetti L, Lajoie B R, Carter A C, et al. Structural organization of the inactive X chromosome in the mouse.[J]. Nature, 2016, 535(7613).
[4]Lupiáñez D G, Kraft K, Heinrich V, et al. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene-enhancer interactions.[J]. Cell, 2015, 161(5):1012-25.
[5]Dryden N H, Broome L R, Dudbridge F, et al. Unbiased analysis of potential targets of breast cancer susceptibility loci by Capture Hi-C.[J]. Genome Research, 2014, 24(11):1854-1868.
[6]Barutcu A R, Lajoie B R, Mccord R P, et al. Chromatin interaction analysis reveals changes in small chromosome and telomere clustering between epithelial and breast cancer cells[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):1-14.
[7]Jäger R, Migliorini G, Henrion M, et al. Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci[J]. Nature Communications, 2015, 6.


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