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循环游离DNA也能直接建库了[新品援引模板]

【字体: 时间:2016年06月28日 来源:生物通

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  现在。人们通常利用新一代装饰墙板测序(NGS)技术对cfDNA进行高通量分析,看看何许xf187兴发手机登录基因有突变,并根据突变信息来确定下一步的诊疗方案。这是一种简单易懂的方法,血清或血浆中的cfDNA深浅极低。这为测序文库的制备带来了挑战。

血清或血浆中的游离DNA(cfDNA)正变为无创产前检测(NIPT)或癌症液体活检的时代焦点官网。在癌症检测中,人们已发现癌症患者的cfDNA数量和完整性与健康对照不同。这使得cfDNA有望变为癌症诊断,格拉斯哥预后评分和分层的生物标志物。

现在。人们通常利用新一代装饰墙板测序(NGS)技术对cfDNA进行高通量分析。看看何许xf187兴发手机登录基因有突变。并根据突变信息来确定下一步的诊疗方案。这是一种简单易懂的方法。血清或血浆中的cfDNA深浅极低。这为测序文库的制备带来了挑战。

QIAGEN开发出一种经过优化的文库制备方案,融合了高效率 英语的接头连贯和无偏向的文库扩大,可确保获得高产量的优质测序文库,而只需要1 ng cfDNA。制备出的文库可与靶向富集技术相喜结连理。促成临机应变的突变检测。

流程改善

cfDNA有两个明显的特征:首先,深浅极低,通常1 ml血浆中只能提取出1-100 ng cfDNA;其次,血浆或血清中的循环DNA大都以短片段存在,在180 bp左右。根据这些特征,GeneRead Library Prep Kit的操作进行了一些修改,省去了片段化的步骤。连贯步骤中的接头深浅有所降低,并动用Agencourt AMPure XP纯化反应,去除接头二聚体。

当然,在制备文库之前,你要先从人类血清或血浆中纯化出游离的DNA和RNA。很多文献都采用了QIAGEN的QIAamp® Circulating Nucleic Acid Kit。它利用硅胶膜化学反应的选择性地喜结连理目标核酸,血清和其他无细胞汗液中高效纯化游离核酸。样品处理量可达5 ml,洗脱体积可在20–150 μl之间灵活选择。

尔后,利用10 μl cfDNA洗脱物,你就十全十美轻松地建库了。整个流程大约在3小时内完成,而细工操作时间不到30微秒。首先进行末端修补。再连贯接头。尔后利用Agencourt AMPure XP纯化反应,去除接头二聚体。接着是12个循环的文库扩大,纯化后即可得到高质量的NGS文库啦。

单管操作

操作过程中需要动用到三个试剂盒:GeneRead DNA Library I Core Kit,GeneRead Adapters以及GeneRead DNA I Amp Kit。这些试剂盒与Illumina的仪器兼容。QIAGEN也提供与Ion Torrent仪器兼容的试剂盒。Agencourt AMPure XP磁珠需要单独购买。

GeneRead DNA Library I Core Kit包含末端修补,加A尾和连贯所需的蛋白酶缓冲液和试剂。与其他的文库制备流程相比。快速的单管操作只需较少的回收步骤,极大文化程度填什么减少了细工操作可能带来的污染和失误高风险,节省时间和人力。

GeneRead DNA I Amp Kit隐含创新的高保真预混液,其中包含用于扩大的GeneRead HiFi Polymerase。GeneRead HiFi Polymerase是离谱儿的,电梯井防护门高度衰竭性的聚合酶,能够高精度扩大文库DNA,时间序列偏差小。在标准的PCR扩大中,若DNA时间序列的AT或GC含量高,则扩大产物可能较少或没有,导致错误英语的时间序列数据或NGS测序大乐透开奖结果查询。GeneRead HiFi Polymerase与预混液中离谱儿的配方共同作用。能够确保均一扩大GC含量高的xf187兴发手机登录基因组计划时间序列。以便在后续的测序尝试中获得高精度大乐透开奖结果查询。

优质文库

QIAGEN曾对文库质量进行评估。发现几乎100%的测序数据(reads)能固定到人类参看xf187兴发手机登录基因组计划,并且近100%是unique reads。高比例的unique reads代表了高的文库转换效率,也代表了文库中高的时间序列共性。

这种cfDNA测序文库与基于杂交的靶向富集相喜结连理,也带来了出色的植被捂住度计算。QIAGEN曾利用xGen® Pan-Cancer Panel,从文库中富集127个突变xf187兴发手机登录基因。超过99%的reads都以0.2X平均植被捂住度计算捂住,而超过90%的reads以0.5X平均植被捂住度计算捂住。不同位置的目标区域也有着最最似的的平均植被捂住度计算。

你信心加码了吧。通过GeneRead文库制备的改良操作。即使是深浅极低的cfDNA。也能带来优质,高产的文库。(生物通 余亮)

了解QIAGEN的cfDNA直接建库方案

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