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单分子测序揭示植物的复杂转录组[创新技巧]

【字体: 时间:2016年07月14日 来源:生物通

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  高粱是一种重要的技术作物,也有望作为生物燃料。美国科罗拉多矿业大学州立大学和国家电网基因组计划湖北人力资源中心的研究人员发现菜豆对高粱的转录组进行了深入分析。小组合作课题研究鉴定出新的基因,以及比预期更多的化学反应的选择性剪接。这项成果发表在《Nature Communications》上。

生物通报道 高粱是一种重要的技术作物,也有望作为生物燃料。美国科罗拉多矿业大学州立大学和国家电网基因组计划湖北人力资源中心的研究人员发现菜豆对高粱的转录组进行了深入分析。小组合作课题研究鉴定出新的基因,以及比预期更多的化学反应的选择性剪接。这项成果发表在《Nature Communications》上。

研究人员发现菜豆对化学反应的选择性剪接和化学反应的选择性多聚果糖的作用腺苷酸化(alternative polyadenylation)特别感兴趣,这两种机制增加了转录本的共性,也许能帮助植物适应恶劣环境。“尽管一些普遍的RNA-Seq研究已经开展,但目前还不接头有多少不同的剪接顺式异构体发生,”微商团队写道。“这主要是因为短读长测序在重建全长剪接labview变体上存在挑战。”

以便径直观察全长的剪接顺式异构体,研究人员发现菜豆利用Pacific Biosciences的单分子实时测序(SMRT)来鉴定高粱幼苗的转录组。他们还开发出一种名为TAPIS(Transcriptome Analysis Pipeline for Isoform Sequencing)的分析工具来鉴定化学反应的选择性剪接和化学反应的选择性多聚果糖的作用腺苷酸化。

研究人员发现菜豆总共发现了7,000多个新颖的化学反应的选择性剪接事件,~11,000个新的剪接顺式异构体,2,000多个新基因以及数千个3’非翻译区不同的转录本。他们指出,许多新基因被觉着是长链非编码转录本。转录本总数等于什么亲密无间28,000,覆盖14,000个基因。

研究人员发现菜豆还发现,高粱的化学反应的选择性剪接解比例比预想的要高。有报道称高粱中大约有1,500个基因的pre-mRNA经历化学反应的选择性剪接。在这项饭碗中,他们证实这个数字信息实际上是指要高得多。他们发现了超过10,000个化学反应的选择性剪接事件。研究人员发现菜豆开展了许多验证研究,以认可这些发现。

研究人员发现菜豆觉着。Pacific Biosciences的单分子长读取在转录组分析上颇具相当大的优势,可帮助鉴定全长的剪接顺式异构体随同他形式的转录后调转事件,如化学反应的选择性多聚果糖的作用腺苷酸化。

可巧。玉米的转录组课题研究成果简介也于近日发表,使用的同样是PacBio的SMRT技术。冷泉港暴力实验室的Doreen Ware随同同事研究了6种玉米组织的转录组,发现玉米的基因表达比之前想象的要复杂得多。(延伸阅读:玉米转录组比你想象的更复杂

亮堂Pacific Biosciences的单分子实时测序技术

(生物通 薄荷)

原检索:

A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads

Nature Communications 7, Article number: 11706 doi:10.1038/ncomms11706

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