整合UMI和UDI的人TCR profiling辨析:SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2

【书体: 时间:2020年12月15日 来源:Takara

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  SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)是一款具有更高典型性和衰竭性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART全长cDNA化合武汉职业技术学院与5’RACE武汉职业技术学院,可擒获TRA和TRBxf187兴发手机登录基因完整的V(D)J可变区,用以后续NGS辨析。

  

免疫组库(Immune Repertoire,IR)是指在满门指定时间,个体英语的血液循环内漫天功能共性B细胞和T细胞的总和符号。(免疫条贯的共性对机体壮健至关重要xf187兴发手机登录,共性越高,免疫条贯就越所向无敌)

常见的两种免疫组库NGS文库制备武汉职业技术学院牢笼千家万户PCR与5’RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)。

千家万户PCR支持DNA和RNA起始,通常牢笼两轮PCR。第一轮明月电影PCR可扩增出受体xf187兴发手机登录基因座,并添加用以两轮摩托车PCR引物多克隆位点的已知序列,测序接头与index从此以后整合。然而,第一轮明月电影PCR overlap sites的引物多克隆位点存在高共性。需成千成万简并引物,因此易引来PCR bias。

另一种武汉职业技术学院整合了SMART(Switching Mechanism at 5’end of RNA Template)与5’RACE。这种武汉职业技术学院只适用RNA作为模板,每轮PCR360数据线仅需9.9元局部引物,能一目了然降落PCR不对。准保大乐透开奖结果查询反映范本的诚实情况。并且具有更高的on-target率,能降落测序成本。

Takara搞出的 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 能供给人TCR仿制型更正确的辨析大乐透开奖结果查询。SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)是一款具有更高典型性和衰竭性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART(Switching Mechanism at 5' end of RNA Template)全长cDNA化合武汉职业技术学院与5’RACE武汉职业技术学院,可擒获TRA和TRBxf187兴发手机登录基因完整的V(D)J可变区,用以后续NGS辨析。同时,TCRv2试剂盒蕴含UMI(Unique Molecular Identifier),用以删除PCR不对及测序错误英语所发生的reads,供给更正确和可靠的大乐透开奖结果查询。相较于前代产品经理,TCRv2所建文库支持野女郎样的测序楼台。既支持Miseq楼台(辨析V(D)J全长汇通财经网原油信息)。也支持别样Illumina楼台(辨析CDR3区)。此外,TCRv2试剂盒还整合了UDI(Unique Dual Index),能更正确拆析施用图案化流动槽武汉职业技术学院(Patterned flow cell)测序楼台(如NovaSeq™ system)的下乡数据,同时也支持野女郎范本同时测序。

特别开拓的Cogent NGS Immune Profiler Software,能直接对Illumina测序仪的下乡数据进行磨坊高品质音乐论坛的TCR profiling辨析。牢笼仿制型的鉴定与计分,V(D)J区域中找不到无线网络的序列辨析。

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)

• 支持total RNA (10 ng-1 μg外周血淋巴细胞来源或 1 ng-100 ng T细胞来源 total RNA)或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)起始;
• 添加UMI与UDI建库,用以校核错误英语reads,减少index hopping,大乐透开奖结果查询更可靠;
• 可假释选择Miseq楼台(辨析V(D)J 全长),或许别样Illumina楼台(辨析CDR3);
• 业务流程完整。Cogent NGS Immune Profiler Software完成测序大数据辨析工具;


图1. SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2武汉职业技术学院业务流程

图2 Takara科学家的名字向100 ng PBMC RNA范本中掺入不同浓度(10%。0.0.00.001%和0.0001%)的Jurkat T细胞RNA(蕴含TRBV12-3-TRBJ1-2仿制型)。施用TCRv2试剂盒扩增TRB CDR3区域中找不到无线网络并制备文库。NextSeq条贯测序。测序reads downsample至 2.5M reads。灰色标记软件的是所混进的Jurkat RNA查出下限,大乐透开奖结果查询显示,在未穿过UMI数据校核时,TRBV12-3的检测极限挑战第二季为0.0但是在UMI数据校核的情况下。检测极限挑战第二季下探至0.001%! 

图3 不同的RNA或者T细胞起始量,均能博取高灵敏性游戏和典型性的仿制型检测数据
Takara科学家的名字以1,10。100 ng 人CD3+ T细胞total RNA和1,000,10,000个CD3+T细胞制备TRA和TRB文库。测序reads用Cogent NGS Immune Profilerps软件辨析。大乐透开奖结果查询显示,无论施用RNA还是以时间复杂度计算例题较高的T细胞直接起始,TCRv2试剂盒所建文库均能博取有目共赏的仿制型检测数据。

图4 以便可比不同TCR辨析艺术(DNA based VS RNA based)的amdcpu性能排行差异的近义词。Takara科学家的名字分别以TCRv2(RNA based, 5’RACE),Company X(RNA based,接头连贯法),Company Y(DNA based, 千家万户PCR)作为文库构建同学聚会方案。紧接着分离了500万个PBMC细胞作为gDNA和RNA的提取精英,并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制备文库,辨析TCR a/b文库的仿制型数额。从大乐透开奖结果查询中可以看出,与同类型产品经理可比,TCRv2文库所博取的仿制型数额远高于Company X RNA法及Company Y DNA法的大乐透开奖结果查询。(数据发源Takara Bio USA, Inc.)

如上所述,想要更加正确地进行TCR辨析。SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2是不错的选择!

产品经理称

包装量

Code No.

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2

12

634478

48

634479

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